Mengikut fakta sejarah, PAS telah ditubuhkan secara rasmi pada 23 Ogos 1951. Walau bagaimanapun, terdapat fakta lain yang menyebut bahawa PAS ditubuhkan pada 24 November 1951 (Warta Negara, 26 November 1951 dan Utusan Melayu 25 November 1951).

Walaupun terdapat dua tarikh yang bercanggah, namun ahli-ahli sejarah dan tokoh-tokoh lama dalam PAS bersetuju bahawa fakta kedua (24 November 1951) ialah tarikh sebenar PAS ditubuhkan.

Parti Islam Se-Malaysia kemudiannya telah didaftarkan sebagai sebuah organisasi pada 31 Mei 1955 dengan nombor pendaftaran 733 (Pulau Pinang). PAS atau Persatuan Islam Se-Malaya (nama asalnya) ialah pertubuhan atau parti politik Melayu yang berteraskan Islam yang ditubuhkan sebelum merdeka selepas Hizbul Muslimin diharamkan oleh kerajaan British pada tahun 1948.

PAS cuba mengimbangi perjuangan nasionalisme UMNO sebagai sebuah parti yang mendokong Islam. Dengan tidak menafikan bahawa semangat perjuangan yang berteraskan kepada Islam di negara ini telahpun wujud sejak 1906 lagi, yang telah dibawa dan diperjuangkan oleh golongan pembaharuan atau reformasi Islam yang mendapat pendidikan di Timur Tengah (antaranya termasuklah Syed Sheikh al-Hadi, Sheikh Tahir Jalaluddin dan Haji Abbas Mohd Taha) yang berpusat di Singapura, Melaka dan Pulau Pinang, PAS yang muncul pada tahun 1951 adalah atas kesedaran masyarakat Melayu (pada waktu itu) untuk melihat Agama Islam dapat ditegak dan didaulatkan di negara ini.[3]

Pada peringkat awal penubuhannya, PAS dilihat sebagai sebuah parti Melayu yang memperjuangkan hal-ehwal Islam melebihi apa yang dilaksanakan oleh UMNO. Didokongi oleh para ilmuan agama, PAS ialah parti yang menjadi pilihan bagi orang-orang Melayu yang berpendidikan agama. Pun begitu, setelah berlakunya Tragedi 13 Mei 1969, PAS telah menerima cadangan UMNO untuk bergabung dalam perikatan yang baharu yang dinamakan sebagai Barisan Nasional (BN). PAS adalah antara parti pengasas BN. Penglibatan PAS dalam BN berakhir dengan krisis darurat di Kelantan pada 1978. Akhirnya PAS mengambil keputusan untuk keluar dari BN. Para penyokong PAS mengganggap bahawa UMNO telah mengkhianati mereka, sementara penyokong UMNO pula berpendapat PAS telah tidak patuh pada ketetapan BN. Peristiwa tersebut telah mengakibatkan PAS dilanda krisis dalaman yang telah membawa kepada perpecahan PAS kepada beberapa parti serpihan seperti BERJASA dan HAMIM.

PAS telah mengambil masa yang lama untuk menyusun semula perjuangan mereka. Ketika Tuan Guru Yusuf Rawa mengambil alih jawatan Yang di-Pertuan Agung (kini dikenali sebagai Presiden) pada 1982, PAS telah menjenamakan semula parti tersebut di bawah slogan "Kepimpinan Ulama".[4]

PAS pernah menjadi sebahagian daripada sebuah perikatan yang dinamakan sebagai Pakatan Rakyat, bersama Parti Keadilan Rakyat (PKR) dan Parti Tindakan Demokratik (DAP). Pencapaian PAS pada pilihan raya umum 2008 adalah antara yang terbaik. Selain mengekalkan penguasaan PAS di Kelantan dengan majoriti yang besar, PAS turut membentuk kerajaan di Kedah (2008-2013). PAS juga ialah sebahagian daripada kerajaan di Selangor (2008-kini) dan Perak (2008-2009) bersama PKR dan DAP.

Kini, PAS menjadikan kerjasama dengan sebuah parti politik baharu, Parti Ikatan Bangsa Malaysia untuk membawa suara rakyat lebih berkesan selepas Pakatan Rakyat dianggap telah terbubar[5] ekoran keluarnya DAP daripada gabungan tersebut. Walau bagaimanapun, hubungan kerjasama politik antara PKR masih kekal.